Stacja Muzeum jest samorządową instytucją kultury, wpisaną do rejestru instytucji kultury prowadzonego przez Samorząd Województwa Mazowieckiego. Została utworzona wspólnie przez Samorząd Województwa Mazowieckiego oraz Polskie Koleje Państwowe S.A. na podstawie warunkowej umowy z dnia 8 maja 2015 r. oraz aneksu nr 1 do warunkowej umowy o utworzeniu i prowadzeniu samorządowej instytucji kultury pod nazwą „Stacja Muzeum” zawartej w trybie art. 21 ust. 2 ustawy z dnia 25 października 1991 o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej pomiędzy Województwem Mazowieckim a Polskimi Kolejami Państwowymi S.A.

Nie jest muzeum w rozumieniu ustawy z dnia 21 listopada 1996 r. o muzeach, wyodrębnia jednak w swojej strukturze nieposiadający osobowości prawnej oddział muzealny – Muzeum Kolejnictwa. Przy Oddziale Muzeum Kolejnictwa funkcjonuje filia – Muzeum Kolei Wąskotorowej w Sochaczewie.

Stacja Muzeum przejęła od Samorządu Województwa Mazowieckiego zbiory po zlikwidowanym Muzeum Kolejnictwa w Warszawie.

Do głównych zadań Stacji Muzeum należy:

1. Gromadzenie i ochrona dóbr kulturalnego dziedzictwa ludzkości związanego z rozwojem transportu i techniki w Polsce, ze szczególnym uwzględnieniem transportu kolejowego;

2. Upowszechnianie problematyki historii cywilizacji i myśli technicznej;

3. Informowanie o wartościach i treściach zgromadzonych zbiorów oraz umożliwianie korzystania ze zgromadzonych zbiorów;

4. Edukowanie poprzez tworzenie możliwości bezpośredniego obcowania z obiektami techniki;

5. Kształtowanie wrażliwości poznawczej i estetycznej;

6. Kształtowanie ładu przestrzennego i współdziałanie w procesach rewitalizacji społecznej.