Organem doradczym Stacji Muzeum w działalności merytorycznej jest Rada Programowa.

Do kompetencji Rady Programowej należy:

– doradzanie w sprawach dotyczących działalności merytorycznej Stacji przedstawionych pod ocenę Rady Programowej przez Dyrektora,
– opiniowanie projektów rocznych i wieloletnich planów działalności merytorycznej Stacji,
– przedkładanie Zarządowi Województwa Mazowieckiego i PKP opinii w zakresie sprawozdania Dyrektora z wykonania rocznego planu działalności merytorycznej,
– dokonywanie corocznej oceny merytorycznej działalności Stacji Muzeum i składanie Zarządowi Województwa Mazowieckiego oraz PKP pisemnego sprawozdania z wyników tej oceny.